Нельсон настаивает на продолжении блокады, а Ушаков — на штурме. В ходе личной встречи между адмиралами происходит острый диалог, касающийся словно «недоразумений», так и массовых репрессий в Неаполе. Встреча завершается ничем, однако Ушаков заявляет как Нельсону, этак и королевской чете, что там, где развевается Андреевский флаг, казней не будет. Отряд матросов и гренадер выдвигается на Рим, каковой вскоре триумфально освобождают от французов. На борту флагмана в город возвращается королевская чета. Королева Мария Каролина клянется безжалостно отплатить французам и республиканцам, в том числе за казнь своей сестры Марии-Антуанетты. Нельсон рвёт принятую Белли и Футом капитуляцию. Начинается кровавая расправа над французскими пленными и местными республиканцами.
За это Ушаков, принимая во внимание, что Пирожков пьян («самую малость греки поднесли») назначает ему символическое наказание — трое суток ареста. На следующий день погибших при штурме Корфу хоронят с воинскими почестями. Метакса зачитывает населению Ионических островов будущую конституцию. Прибывший императорский рассыльный требует передать беглого каторжника Тихона Прокофьева, однако Ушаков во всеуслышание заявляет, что тот погиб при штурме. Более того, Неаполитанское королевство пало, а королевская чета в составе Фердинанда Первого и его супруги Марии Каролины бежала на корабль Нельсона.
Возглавив русско-турецкую эскадру, Ушаков нанес удар по французским силам на Ионических островах, опрометью заняв их все, за исключением Корфу, где находилась мощная французская крепость.
Завершив избавление Ионических островов, флот переходит к блокаде итальянских портов и самого Неаполя. Отряд под командованием Белли берёт Неаполь, принимая капитуляцию французов совместно с британским коммодором Футом. Однако военные успехи Ушакова тревожат правительство Британии. Британские корабли адмирала Джона Джервиса якобы «потеряли в тумане» четыре уходивших из Египта французских корабля с Наполеоном на борту.
Фут в ходе ссоры с Нельсоном в знак протеста подаёт в отставку. Ушаков тем временем ведёт подготовку к штурму Корфу. Следуя Суворовскому принципу «лучше пот, чем кровь», он проводит изнурительные учения десанта. К проблемам прибавилось некачественное турецкое продовольствие, вынудившее адмирала Ушакова использовать личные средства на приобретение продуктов у местного населения. К Ушакову прибывает посол Неаполитанского короля Фердинанда, какой пытается удостоверить того уйти Корфу и вышагивать на поддержка Неаполю. Однако Ушаков понимает, что стоит за таковой «искренней просьбой» и ультимативно отказывается. Ушаков встречается с опальным фельдмаршалом Суворовым. Однако посол Великобритании убеждает императора Павла I выступить против Франции. Кроме того, Турция согласилась просмотреть российский флот сквозь Босфор и усилить его своей эскадрой, однако при условии, что им будет командовать адмирал, прозванный в Турции «Ушак-паша».
«Корабли штурмуют бастионы» — советский фильм, вторая часть историко-биографической кинодилогии Михаила Ромма, посвящённой русскому флотоводцу Фёдору Фёдоровичу Ушакову (1745—1817). Сюжет фильма Корабли штурмуют бастионы (1953), лапидарный пересказ и резон фильма. Однако свежий российский император Александр I не оценивает заслуг Ушакова. При подстрекательстве Мордовцева он отправляет Ушакова в отставку с мундиром и пенсией. К Ушакову, смотреть лучшие порно видео отмечающему с офицерами взятие Корфу, доставляют канонира Пирожкова, избившего турецкого боцмана. Тот объясняет, что турок нарушил приказ о неприкосновенности населения, попытавшись изнасиловать местную девушку.