Когда споры грибка попадают в тело муравья, гусеницы, мухи или паука, шеймейл кремпай они начинают прорастать в организм насекомого. Кордицепс поражает нервную систему жертвы, выделяя вещества алкалоидной группы[30]. В результате насекомое перестаёт беспокоиться о своих нуждах и делает то, что нужно грибку, к примеру, ищет для него подходящее точка обитания. Кордицепс не паразитирует на людях, однако сюжет The Last of Us основан на фантастическом допущении подобного заражения. Двадцать лет спустя Джоэл и его партнёрша Тесс (Энни Вершинг) промышляют контрабандой на окраине карантинной зоны в Бостоне. Устранив торговца чёрного рынка Роберта, герои сталкиваются с лидером «Цикад» Марлин (Мерл Дэндридж). В мена на оружие Марлин предлагает Джоэлу и Тесс скрыто вывести за пределы охраняемого военными периметра подростка Элли (Эшли Джонсон). В назначенной точке встречи — Капитолии — герои обнаруживают, что местная группа «Цикад» была уничтожена; а Тесс оказывается зараженной в результате последней стычки. Веря в существенность Элли, Тесс убеждает Джоэла продолжить путь, а затем жертвует собой в попытке застопорить прибывших военных. Воспользовавшись в Линкольне помощью Билла (Эрл Браун), знакомого Джоэла, двое находят автомобиль.
На подаренной лошади герои добираются до Колорадского университета, где, по словам Томми, должна отыскиваться лаборатория «Цикад». На месте оказывается, что университет заброшен, а лаборатория была эвакуирована в Солт-Лейк-Сити, штат Юта. Двое попадают в засаду бандитов, в результате которой Джоэл получает тяжёлое ранение[20]. Музыкальное сопровождение игры включает 30 композиций, написанных Густаво Сантаолалья — двукратным обладателем «Оскара» за лучшую музыку[42]. Работа над The Last of Us стала дебютом композитора в видеоигровой индустрии[43].
В затопленных туннелях, наполненных толпой заражённых, на пути спустя город Джоэл и Элли чуть-чуть не тонут, однако их выручают «Цикады» под командованием Марлин, также добравшейся на закат из Бостона. Она сообщает Джоэлу, что для разработки вакцины врачам придётся извлечь кордицепс из мозга Элли, что гарантированно убьёт девочку. Марлин пытается сладиться с ним, да первостатейный герой убивает и её, полагая, что она попытается гнаться их[22]. Брат Джоэла совместно со своей женой Марией (Эшли Скотт) и несколькими другими семьями обустраивают вселение кругом восстановленной гидроэлектростанции в округе Джексон, штат Вайоминг.
Чтобы выкарабкаться из оцеплённого города, Джоэл и Элли объединяются с братьями Генри (Брэндон Скотт) и Сэмом (Наджи Джетер). После побега Сэм оказывается заражённым; Генри убивает его и затем кончает жизнь самоубийством[19]. Создавая игру, разработчики задавались вопросом, что произойдет с человеческой цивилизацией, если привычное конструкция жизни рухнет.
Одним из первых мест, пораженных вспышкой, становится Остин, штат Техас, где живёт стержневой герой Джоэл Миллер (Трой Бейкер) со своей двенадцатилетней дочерью Сарой (Хана Хейз). Отбившись от нападения на дом заражённых соседей Джоэл, его брат Томми (Джеффри Пирс) и Сара пытаются выехать из города на автомобиле, однако попадают в аварию. Убегая от преследующих их заражённых, двое наталкиваются на солдата, получившего приказ извести любых потенциальных зараженных. Однако Сара оказывается раненой и скоропостижно умирает на руках у отца[18].