Zur Württembergischen Landeskirche gehören auch die Protestanten aus dem Stadtteil Weigheim, die von der Nachbargemeinde Schura betreut werden. Die Kommende Villingen gehörte bis 1806 zum katholischen Großpriorat Deutschland des Johanniter-/Malteserordens, mit Sitz in Heitersheim. Schwenningen gehörte ebenso wie Villingen zunächst zum Bistum Konstanz und war dem Archidiakonat „vor dem Wald” unterstellt. Villingen gehörte zunächst zum Bistum Konstanz und war dem Archidiakonat „vor dem Wald” unterstellt. Infolge der Zugehörigkeit zum Herzogtum Württemberg wurde 1535 die Reformation eingeführt. Die Kirche der jüngsten Pfarrei Heilig Kreuz wurde 1973 geweiht. 1854 entstand die erste protestantische Gemeinde, die 1892 zur Johannespfarrei zusammengefasst wurde. V. sowie die Stadtmusik Schwenningen. Im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts erreichte die rheinische Karnevalswelle Villingen sowie den gesamten schwäbisch-alemannischen Raum. Die zugehörige Kirche wurde 1953/54 erbaut. Doch wurde bereits 1710 eine Filialkirche St. Wenngleich die Vincenzkirche allmählich zur Filialkirche von St. Die Kirche wurde bereits 1298 geweiht. Die katholische Stadtpfarrkirche, das Münster Unserer Lieben Frau, wurde bereits im Mittelalter erbaut.
Diese bildet heute mit den fünf Villinger Pfarreien und mit der Nachbargemeinde Niedereschach die Evangelische Gesamtkirchengemeinde Villingen. Diese Vereinigung ging jedoch im Dominikanerorden auf, der 1782 aufgelöst wurde. Die zugehörige Kirche wurde 1964/67 erbaut. Ferner entstand noch die Markuspfarrei (Kirche von 1957). Neben den genannten Kirchen gibt es noch eine Friedhofskapelle von 1908. Alle evangelischen Gemeinden Schwenningens gehören zum Kirchenbezirk Rottweil der Evangelischen Landeskirche in Württemberg, der 2025 durch die Fusion des bisherigen Kirchenbezirks Tuttlingen (zu dem die Gemeinden bisher gehörten) mit dem Kirchenbezirk Sulz am Neckar entstand. 1972 entstand noch die Petruspfarrei (mittlerweile mit der Markusgemeinde zusammengeschlossen) und 1975 die Lukaspfarrei. Die Kapelle St. Wendelin wurde 1908 erbaut. Michael herabgestuft wurde, so wurde sie nach der Reformation die alleinige Pfarrkirche von Schwenningen. Neben der Pfarrkirche (Münster) gab es in Villingen mehrere Klöster. Die ursprüngliche Pfarrkirche Villingens war die heutige Friedhofskirche, deren romanischer Turm noch erhalten ist. 1907 wurde die Pauluspfarrei (Kirche von 1910), 1922 die Johannespfarrei (Notkirche von 1931, 1959/60 Neubau) abgetrennt. Aus der Johannespfarrei entstand 1965 die Johannespfarrei II. Die genannten Gemeinden betreuen auch die Protestanten der Stadtteile Tannheim, Herzogenweiler, Pfaffenweiler und Rietheim (Pfarrei Marbach), Mühlhausen und Weigheim (Pauluspfarrei, Schwenningen) und Weilersbach (Niedereschach). Die meisten heutigen Stadtteile von Villingen-Schwenningen blieben nach der Reformation überwiegend katholisch, двигатель бензин weil sie entweder zu Vorderösterreich oder zum Fürstentum Fürstenberg gehörten.
Die katholischen Gemeinden Schwenningens gehören zum Dekanat Rottweil der Diözese Rottenburg-Stuttgart. Sie gehören bis auf Mühlhausen und Weigheim zum Kirchenbezirk Villingen der Evangelischen Landeskirche in Baden. Sie ist die heutige katholische Hauptkirche Villingens. Zwischen 1520 und 1530 versuchte das Franziskanerprovinzial die Reformation einzuführen, doch scheiterte dies an der Regierung Vorderösterreichs, zu der die Stadt gehörte. Später wurde die Stadt Sitz eines Landkapitels. Die Kirche wurde 1360/70 erstmals erwähnt. 1451 wird ein Antoniterhaus erwähnt. Das Heimat- und Uhrenmuseum beim Marktplatz wurde 1697 zunächst als Bauernhaus in Fachwerkbauweise errichtet und wird seit 1931 museal genutzt. Das Sinfonieorchester Villingen-Schwenningen wurde 1912 von Martin Oberle als „Villinger Orchesterverein” gegründet. An der nunmehrigen Stadtkirche wurde infolge des starken Zuzugs von Protestanten bereits 1835 eine zweite Pfarrei errichtet. Mit dem Zuzug von Katholiken infolge der Industrialisierung (Uhrenindustrie) erfolgte 1892/93 der Bau der Franziskuskirche. Der Neckartal-Radweg führt von Villingen durch das Quellgebiet des Neckars und über Schwenningen und Rottweil nach Mannheim.
Mühlhausen kam wohl im 16. Jahrhundert an Rottweil. Im 13. Jahrhundert gab es auch Nonnen, die nach den Regeln der Augustiner lebten. Ihre Heimspielstätte ist die Helios Arena, die von 2007 bis 2010 durch Umbau des veralteten Eisstadions am Bauchenberg mit einem städtischen Aufwand von 10,5 Mio. Von der Pfarrei St. Im Stadtteil Marbach entstand 1976 ebenfalls eine eigene Pfarrei. Marbach war eine Filiale von Kirchdorf. Daher gibt es in den meisten Stadtteilen auch eine katholische Gemeinde oder Filialgemeinde und eine Kirche. Die Gemeinde kaufte 1859 die ehemalige Johanniterkirche aus dem 13. Jahrhundert, heute Johanneskirche. Die Gemeinde Herzogenweiler wurde zunächst von Vöhrenbach betreut. Die anderen acht Stadtbezirke (ohne Villingen und Schwenningen) sind zugleich Ortschaften im Sinne von § 67 ff. Neuere katholische Kirchen in Villingen sind St. Konrad/Rietheim, die katholische Seelsorgeeinheit Villingen. Eine weitere katholische Kirche ist die 1962/64 erbaute Kirche St. Fidelis ab, die 1942 zur Pfarrei erhoben wurde. 1952 wurde von ihr die Pauluspfarrei und 1960 die Markuspfarrei abgetrennt. Das Münster zu Unserer Lieben Frau, eine Doppelturmbasilika aus dem 12. Jahrhundert, war die „Leutkirche”, die schon im Gründungsplan der Stadt vorgesehen war. Aus ihm entstand das Ursulinenkloster, das heutige Kloster St. Schließlich gab es ab 1655 noch ein Kapuzinerkloster, das 1806 aufgehoben wurde.